Résumé: Dans un futur proche, l'humanité fût défaite par des parasites viraux appelés "Gastrea". L'humanité fût exilé dans un petit territoire et vit avec le désespoir et la terreur. Rentaro, un garçon vivant près de Tokyo et membre de la «sécurité civile» -(un organisme spécialisé dans la lutte contre les "Gastrea") est utilisé pour accomplir des tâches dangereuses. Sa partenaire, Enju, une jeune fille précoce. Ils se battent avec leurs pouvoirs jusqu'à ce qu'un jour, ils reçoivent une mission spéciale du gouvernement. Cette mission top secrète est d'empêcher la destruction de Tokyo...